Lisossomos também utilizam suas enzimas para reciclar as moléculas da própria célula. Um lisossomo pode englobar outra organela, digeri-la e retornar os componentes digeridos para o citos-sol para sua reutilização. Dessa maneira, as estruturas celulares desgastadas são continuamente renovadas. Esse processo, pelo qual organelas desgastadas são digeridas e chamado de autofagia ( auto = próprio; phagio = comer).As enzimas lisossômicas também podem destruir sua célula hospedeira, um processo conhecido como autólise (lysis= dissolução). A autólise ocorre após a morte e em algumas condições patológicas.
Os lisossomos também funcionam na digestão extracelular as enzimas lisossômicas liberadas em locais de fermentos ajudam na digestão de detritos celulares, o que prepara a área injuriada para o seu reparo afetivo.
